Wetenschappers bekijken welke invloed abiotische factoren zoals stof, gas en neerslag kunnen hebben op het ecosysteem. Neem stikstofgas. Het is het meest voorkomende gas in de atmosfeer. De meeste organismen kunnen dit gas niet direct gebruiken om organische stikstofverbindingen zoals eiwitten en DNA van te maken. Slechts een paar soorten bacteriën kunnen het stikstofgas gebruiken. Ze zetten dat gas om in ammoniak dat in water opgelost ammonium is. Dit proces heet “biologische stikstoffixatie”. Voor de fixatie hebben bacteriën het enzym nitrogenase nodig. En ijzer is noodzakelijk voor een goede werking van dit enzym. Het ammonium wordt door andere bacteriën uiteindelijk omgezet in nitraat. En dat proces heet “nitrificatie”. Planten en orcardfythoplankton gebruiken nitraat en ammonium om organische stikstofverbindingen zoals chlorofyl, aminozuren en DNA te maken. Dit proces heet “stikstofassimilatie”. Dieren gebruiken de organische stikstofverbindingen van planten en andere dieren. En dat proces heet “voortgezette stikstofassimilatie”. Rottingsbacteriën zetten dood organisch materiaal om in ammoniak. Via oplossingen in water en nitrificatie wordt dat dan omgezet in nitraat en nitraat wordt door denitrificerende bacteriën omgezet in stikstofgas en dat proces heet “denitrificatie”.